שבע המגילות הראשונות התפרסמו כבר בשנות החמישים. ב-1955 החל בית-ההוצאה של אוניברסיטת אוקספורד לפרסם את הסדרה Discoveries in the Judaean Desert - הוצאה מדעית של המגילות ובה מבוא, טקסט מפוענח, תרגום, הערות מלומדות ושינויי נוסח. בנובמבר 2001 פורסמה הודעה על סיום המפעל החשוב הזה. נוסף על כתבי-היד עצמם, מתפרסמים בספרים ובכתבי-עת מקצועיים אלפי מחקרים על תוכן המגילות ועל זיקתן לדת, ללשון, להיסטוריה ועוד.

בד בבד עם המחקר והפרסום התקדם גם הטיפול במגילות. עיקר הטיפול נעשה במעבדות רשות העתיקות בירושלים.