אפשר לחלק את כתבי-היד לשלושה סוגים עיקריים: ספרי מקרא, ספרות חיצונית וספרות כיתתית. במערות קומראן נתגלו כמאתיים העתקים של כל ספרי המקרא (חוץ ממגילת אסתר וספר נחמיה), והם העדות הקדומה ביותר לטקסט מקראי שנמצאה מעולם. מן הספרים החיצוניים (חיבורים שאינם נמנים על ספרי המקרא הקנוניים), נתגלו חיבורים שהיו ידועים קודם לכן רק בתרגומים, וכן חיבורים חדשים לגמרי בעבורנו. בקבוצת הספרות הכיתתית נמצאו חיבורים בכל הסוגות הספרותיות – חיבורים הלכתיים, ליטורגיים, פרשניים, אפוקליפטיים – כולם בעלי אופי דתי בדלני. רוב החוקרים סבורים שהמגילות היו שייכות לספרייה של כת מדבר יהודה שהתגוררה בקומראן (האיסיים?), אולם נראה שצריך לייחס ל'עדת היחד' (כפי שהחבורה נקראת בכתביה) רק את כתיבתן של מקצת המגילות, ואילו השאר חוברו או הועתקו במקום אחר.

גילוי המגילות היה נקודת מפנה בחקר תולדות עם ישראל בעת העתיקה, שכן המגילות הן אוצר ספרותי בלום הן בכמותו הן באיכותו, וכמוהו טרם היה. אוצר זה שופך אור על אופייה של החברה היהודית בארץ-ישראל בתקופה ההלניסטית-רומית, ובכלל זה על ראשיתה של היהדות הרבנית ואף על הנצרות הקדומה.