במסגרת זו מוצעים היום:

סיור מודרך בהיכל בליווי הרצאה בתחומי המקרא, תולדות בית שני, יהדות או נושא אחר. בסיור משולב גם ביקור בגלריית היודאיקה שבמוזיאון והמתמקד בהתפתחות בתי-הכנסת. הסיור מיועד למורים וסטודנטים מהארץ ומחו"ל ומטרתו לחזק את השורשים היהודיים.
" דו-שיח בין-דתי", סיור מודרך לאנשי העולם הנוצרי שבו מודגשים נושאים המשותפים ליהדות ולנצרות, ומטרתו להעמיק את ההבנה בין הדתות

התכנית הייחודית של היחידה החמישית לבגרות בתנ"ך בנושא "סוד המדבר: מוטיב המדבר במקרא ובמגילות מדבר יהודה" נערכת השנה זו הפעם השנייה במתכונת ניסיונית. אמרנו "ייחודית" והתכוונו לכך, שכן זו הפעם הראשונה שנושא מגילות מדבר יהודה נלמד בבית-ספר ומשולב בחוויה מוזיאלית.
בשנת הלימודים תשס"ג סיימו את התכנית בהצלחה 11 תלמידים מהאקדמיה למוסיקה ולמחול בירושלים בליווי המורה דוד כהן צמח. השנה לומדים בה שבעה תלמידי תנ"ך מוגבר מבית-הספר התיכון "הראל" שבמבשרת ציון.
את התכנית כתבה אורנית לוי, מורה לתנ"ך וחברת צוות היכל הספר, בייעוצו המדעי של ד"ר אדולפו רויטמן, והיא גם מלמדת אותה.

הדרכות קוליות 1. הדרכה קולית בגוון דרמטי לסטודנטים ולמבוגרים המבקרים בהיכל הספר כיחידים או בקבוצות. המחזה מספר על תהליך הקבלה לכת מדבר יהודה (קיים בעברית). 2. בנוסף קיימת הדרכה קולית רגילה אינפורמטיווית לציבור הרחב (בעברית, אנגלית ורוסית).

תכניות פיתוח לעתיד:

מרכז חינוך לקראת שנת 2005, כשימלאו להיכל הספר 40 שנה, יש בכוונתנו לפתוח מרכז חינוך שיכלול מרכז מידע, אודיטוריום וכיתות לימוד. מרכז המידע יספק חומרים על המגילות ועל כת מדבר יהודה, על הטקסטים המקראיים, ועל ההיסטוריה של התקופה וישמש מקום מחקר ולימוד לכל המתעניין. המרכז גם יספק תמיכה לתלמידי התיכון ולשאר משתתפי התכניות שלנו. באודיטוריום יוקרן סרט שיקדים את הביקור בהיכל, ויועלו הצגות ומופעים אמנותיים הקשורים לנושא המגילות. עוד אנו מתכננים להפיק תקליטורים בנושא המגילות, הראשון בהם יעסוק בתולדות "מגילת המקדש" ובמשמעותה.
Shrine on line - (בהכנה) תכנית אינטרנט שתאפשר לבקר וירטואלית בהיכל הספר לפני כל מי שאין באפשרותם להגיע אליו (ההרצה נסיונית בקרוב).

מידע נוסף ניתן לקבל בהיכל הספר, טלפון: 6708859 פקס: 5633695 shrine@imj.org.il