בשנים 1956-1949 נחשפו במערות שבאזור קומראן עוד מגילות וקטעי מגילות רבים. עתה, נוסף על הבדווים השתתפה בגילוי גם משלחת ארכיאולוגים מבית-הספר הצרפתי למקרא וממוזיאון רוקפלר בראשותו של האב ר' דה-וו, משלחת שחפרה גם את האתר. מאז 1956 נערכות מדי פעם חפירות בקומראן ובסביבתה, אולם לא נמצאו מגילות נוספות. כיום רוב המגילות נמצאות בישראל (בידי היכל הספר ובידי רשות העתיקות), אך מספר קטן של מגילות וקטעי מגילות גם בחו"ל, בעיקר בירדן.