אוספי הרישומים וההדפסים של המוזיאון צמחו מ-500 פריטים ב-1928, ברובם יצירות של אמנים החיים בישראל, לכדי 27,000  ב-1936, מקבץ שנשען ברובו על תרומות שנתקבלו מעולים מגרמניה שהגיעו לארץ לאחר עליית הנאצים לשלטון.
כיום מונים אוספי המחלקה כ-60,000 פריטים.
המחלקה לרישומים ולהדפסים מקיימת תערוכות רבות של אמנות ישראלית.  במהלך שנות השבעים העדיפו רבים מן האמנים המובילים בעולם ובישראל  להתמקד בעבודות רישום בפרט ובעבודות על נייר בכלל. רישומים פרי יצירתם  של אמנים קונספטואליים ישראליים זכו להכרה ולתמיכה במרכזי אמנות שונים,  בעיקר בניו-יורק. כל אותם אמנים נתמכו בתחילה על-ידי מוזיאון ישראל, ואף  הציגו בו לעתים קרובות. המחלקה לרישומים ולהדפסים אחראית גם לחדר  הלימוד, שבו יכול קהל המבקרים לעיין, בין השאר, באותן עבודות על נייר שהנן עדינות ופגיעות מכדי להיכלל בתצוגת הקבע שבאולמות המוזיאון.

נוף מגדל דוד, 1925